تشخیص دقیق آفات، به خصوص در مراحل اولیه، نیازمند دانش و تجربه تخصصی است که همه افراد از آن برخوردار نیستند.

 بررسی چشمی گیاهان، به خصوص در مزارع و باغ‌های بزرگ، می‌تواند زمان‌بر و پرهزینه باشد.

احتمال خطا در تشخیص چشمی آفات، به خصوص در مورد آفاتی که علائم ظاهری مشابهی دارند، وجود دارد.

آفات زیر سطحی مانند سرخرطومی حنایی، سوسک پوست خوار کاج و سرو و کرم سفید ریشه خوار تا زمانی که تبدیل به حشره کامل شوند و از  سطح بیرون بیایند، قابل تشخیص نیستند

برای تشخیص برخی آفات نیاز است تا سخت افزارهای قدرتمند و گران قیمت تهیه شود

به دلیل پیچیدگی و چالش های تشخیص آفات زیر سطحی، عملیات های تشخیص آفات زیر سطحی با دقت پایین و درصد خطای بالا انجام می شوند و نتیجه آن آلودگی و گسترش بیشتر آفات و خسارات فراوان می شود